با آنکه سازمان مجاهدین خلق تقریباً هیچ نقشی در پیروزی انقلاب نداشت و این سازمان بعد از سال 54 عملاً وجود محسوس خارجی هم نداشت، با این حال پس از پیروزی انقلاب و در جو شدیداً سیاسی ابتدای انقلاب و با توجه به امکانات به وجود آمده برای تبلیغات علنی، توانست مدعی «صاحب انقلاب بودن» شود
ضربه 50
سازمان در عین آنکه هنوز به مرحله آمادگی کامل (حتی طبق همان تعاریف خود نرسیده بود) تحت فشار اعضا جهت انجام عمل انقلابی و به دلیل عمل زدگی تصمیم گرفت طی جشن‌های 2500ساله اقدامات مسلحانه‌ای انجام دهد و در مسیر تهیه اسلحه افتاد. از همین نقطه بود که یک نفوذی ساواک توانست با ظاهر تهیه اسلحه برای سازمان به آن نفوذ کند و سازمان در تور امنیتی ساواک قرار گرفت. پس از آنکه شناسایی‌های ساواک نسبتاً کامل شد، در اول شهریور 1350 ساواک و شهربانی طی عملیاتی بسیار گسترده در نقاط مختلف تهران و ایران دست به بازداشت اعضای سازمان زدند و تقریباً تمام خانه‌های تیمی آن و اکثر اعضایش را دستگیر کردند. پس از دستگیری این اعضا و اعترافات گسترده آنان مابقی اعضا هم به مرور دستگیر شدند. از این ماجرا به عنوان ضربه 50 نام برده می‌شود. عموم اعضای مرکزیت سازمان که به چنگ ساواک افتادند به اعدام محکوم شدند، فقط مسعود رجوی با یک درجه تخفیف به حبس ابد محکوم شد. روایت رسمی سازمان آن است که رجوی به دلیل فعالیت‌های گسترده برادرش (کاظم رجوی) که یک فعال حقوق بشری بین‌المللی بود اعدام نشده است. اما پس از انقلاب و با به دست آمدن اسناد ساواک مشخص شد که دلیل اعدام نشدن رجوی، همکاری گسترده‌اش با ساواک بوده است. نصیری رئیس ساواک طی نامه‌ای به رئیس دادستانی ارتش (که محاکمه اعضای سازمان را به عهده داشت) چنین نوشت:
«[به: ریاست اداره دادرسی نیروهای مسلح شاهنشاهی (دادستانی)
از: ساواک
شماره 655/312
تاریخ 29/1/51
درباره مسعود رجوی فرزند حسین
پیرو [نامه] شماره 7611 /312 - [مورخ] 16/9/50
نامبرده بالا که از محکومین سازمان به اصطلاح آزادیبخش ایران وابسته به جمعیت نهضت آزادی است [هنوز نام مجاهدین خلق برای این گروه انتخاب نشده بود و ضمناً به دلیل آنکه بعضاً مؤسسین این گروه قبلاً عضو نهضت آزادی بودند، ساواک ابتدا گمان می‌کرد که این گروه به نوعی وابسته به نهضت آزادی است] و در دادگاه تجدید نظر نظامی به اعدام محکوم گردیده بعد از دستگیری در جریان تحقیقات کمال همکاری را در معرفی اعضای سازمان مکشوفه به عمل آورده و اطلاعاتی که در اختیار گذارده از هر جهت در روشن شدن وضعیت شبکه مزبور مؤثر و مفید بوده و پس از خاتمه تحقیقات نیز در داخل بازداشتگاه همکاری‌های صمیمانه‌ای با مأمورین به عمل آورده لذا به نظر این سازمان [یعنی سازمان اطلاعات و امنیت کشور (ساواک)] استحقاق ارفاق و تخفیف در مجازات را دارد. مراتب جهت استحضار و هرگونه اقدام مقتضی اعلام می‌گردد.
رئیس سازمان اطلاعات و امنیت کشور - ارتشبد نصیری
امضا - ارتشبد نصیری]
در هر حال عموم اعضای رده بالای دستگیر شده سازمان، در فروردین و خرداد 51 اعدام شدند.نکته مهم آنکه تا پیش از دستگیری اعضا، این گروه هنوز برای خود نامی برنگزیده بود و اصطلاحاً اعضا، آن را «جمع» می‌خواندند ولی پس از دستگیری و با توافق اعضا و رهبران دستگیر شده، نام «مجاهدین خلق ایران» بر آن انتخاب شد.
کنار رفتن پوسته دین و آشکار شدن هسته مارکسیستی سازمان
با دستگیری اعضای بلندپایه و تقریباً تمام کادرهای سازمان بین شهریور تا آذر سال 1350، مرکزیت سازمان در این زمان شامل احمد رضایی، رضا رضایی و بهرام آرام شد و رهبری سازمان عملاً به عهده احمدرضایی قرار گرفت که او نیز در بهمن 50 در درگیری با ساواک کشته شد و سازمان مجاهدین خلق، او را «اولین شهید سازمان» خواند.
پس از آن، مرکزیت سازمان دو نفره شد تا آنکه تقی شهرام (یکی از اعضای دستگیر شده سازمان) توانست از زندان ساری بگریزد و به سازمان وصل شده و وارد مرکزیت شود. بدین ترتیب مرکزیت مجدداً سه نفره شد.چندی بعد و در خرداد 52، رضا رضایی هم حین درگیری با ساواک خودکشی کرد (اساساً خودکشی برای نیفتادن به دست ساواک بین گروه‌های التقاطی مسلح از جمله منافقین مرسوم بود) و مرکزیت شامل تقی شهرام و بهرام آرام شد که پس از چندی، سید مجید شریف واقفی هم به مرکزیت پیوست. از این زمان به بعد و به دلیل ویژگی‌های شخصیتی و مطالعاتی تقی شهرام، او عملاً رهبر سازمان شد. با توجه به آنکه کادرهای اولیه سازمان هم (که در عین داشتن تفکرات شدیداً التقاطی، در هر حال به اسلام - ولو اسلام خودشان - و وعده‌های خداوند متعال به مؤمنین معتقد و علاقه‌مند بودند) در این زمان عموماً کشته شده بودند، از همین ایام بود که زمینه بروز و ظهور برخی مسائل ایدئولوژیک در درون سازمان فراهم شد. لطف الله میثمی (از اعضای رده بالای سازمان و دستگیر شده در ضربه 50) نقل کرده است که مسعود احمدزاده (از بنیانگذاران و رهبران سازمان مارکسیست چریک‌های فدایی خلق) پس از آنکه مواضع سازمان مجاهدین خلق را در زندان و از زبان خودشان شنید، خطاب به مهدی ابریشمچی (یکی از اعضای سازمان) گفت: «شما یک پوسته ایده آلیستی [=تعبیر مارکسیستها برای مذهب] دارید و مثل جوجه که رشد می‌کند و پوسته [تخم‌مرغ] را می‌شکند، این پوسته ایده آلیستی در حال شکستن است وبزودی هسته ماتریالیستی آن بیرون می‌زند و نمایان می‌شود.» (آنها که رفتند، جلد دوم خاطرات لطف الله میثمی، نشر صمدیه، صفحه 79)شکستن آن پوسته از همین زمان بود که آغاز شد و نهایتاً در سال 54 کاملاً بروز یافت. در سال 1354 تقی شهرام که خود قبلاً مارکسیست شده بود، پس از مقدمه چینی‌های مدید و طولانی و با کمرنگ کردن نقش مذهب در اندیشه اعضای سازمان (که بررسی دقیق آن مجالی مفصل و دیگر می‌طلبد) نهایتاً بیانیه‌ای منتشر کرد و اعلام نمود که سازمان مجاهدین خلق ایران مذهب را کنار گذاشته و رسماً ایدئولوژی مارکسیسم را به عنوان تنها ایدئولوژی نجات بخش پذیرفته است. در روند بحث‌هایی که در مسیر تغییر ایدئولوژی صورت می‌گرفت، مجید شریف واقفی به مخالفت برخاست که در نتیجه از سوی شهرام و آرام به عنوان خائن شناخته شد و محکوم به اعدام شد و این عمل هم از سوی سازمان صورت گرفت و مجید شریف واقفی به طرز فجیعی کشته شد. البته اکثریت قاطع اعضای سازمان این تغییرایدئولوژی را پذیرفته و مارکسیست شدند.
تحلیل خواندنی شهید مطهری از التقاط و سرنوشت سازمان
شهید مطهری در همین برهه، در نامه خصوصی‌اش به امام خمینی (در سال 1356) تحلیلی بسیار جالب از این سازمان و دوگونه پیش گفته آن عرضه کرده است که نشانگر اوج بصیرت ایشان و بسیار خواندنی است: «در اینجا [ایران] جریان‌های پیچیده و گمراه‌کننده‌ای وجود دارد که توجه و آگاهی حضرتعالی ضرورت دارد:... جریان دوم، جریان به اصطلاح گروه مسمّی به مجاهدین است. اینها در ابتدا یک گروه سیاسی بودند ولی تدریجاً به صورت یک انشعاب مذهبی دارند در می‌آیند، درست مانند خوارج که در ابتدا حرکت‌شان یک حرکت سیاسی بود، بعد به صورت یک مذهب با یک سلسله اصول و فروع درآمدند. کوچک‌ترین بدعت اینها این است که به قول خودشان به «خودکفایی» رسیده‌اند و هر مقام روحانی و هر مرجع دینی را نفی می‌کنند. از همین جا می‌توان تا آخر را خواند. دیگر اینکه در عین اظهار وفاداری به اسلام، کارل مارکس لااقل در حد امام جعفرصادق علیه السلام نزد اینها مقدس و محترم است.البته اینها آنهایی هستند که بر مسلک سابق خود باقی هستند، آنها که تغییر موضع [یعنی اعلام تغییر ایدئولوژی] کردند تکلیفشان روشن است.... و عجیب این است که هنوز هستند برخی دوستان ما و ارادتمندان شما که کارهای اینها را توجیه و تأویل می‌کنند.» (نامه تاریخی استاد مطهری به امام خمینی، انتشارات صدرا، صفحات 16 تا 18)
این وضع دوشقگی تا زمان اوج‌گیری انقلاب اسلامی و آزادی زندانیان سیاسی ادامه داشت. در این زمان مسعود رجوی هم از زندان آزاد شد و در راستای همان ادعای خود، به نوعی مجدداً سازمان را تشکیل داد و خود نیز به صورت طبیعی رهبری آن را بر عهده گرفت. بخش تغییر ایدئولوژی داده و رسماً مارکسیست شده سازمان هم با تغییر نام،خود را «سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر» نامید. این گروه که رهبری‌اش بر عهده تقی شهرام بود، اختصاراً گروهک «پیکار» خوانده می‌شد.
پیروزی انقلاب و موج سواری سازمان
با آنکه سازمان مجاهدین خلق تقریباً هیچ نقشی در پیروزی انقلاب نداشت و این سازمان بعد از سال 54 عملاً وجود محسوس خارجی هم نداشت، با این حال پس از پیروزی انقلاب و در جو شدیداً سیاسی ابتدای انقلاب و با توجه به امکانات به وجود آمده برای تبلیغات علنی، توانست مدعی «صاحب انقلاب بودن» شود و دیگران را به دزدیدن رهبری انقلاب و موج سواری متهم نماید! و ضمناً توانست طرفدارانی (خصوصاً از میان جوانان) برای خود دست و پا کند و دست به گسترش تشکیلات بزند. این طرفداران جدید که عموماً بسیار جوان بودند، عملاً از عمق اندیشه و پیشینه واقعی این گروه خبر نداشتند و به حقیقت، فریب ادعاها و تبلیغات آن را خورده بودند.
نفاق و آماده شدن برای رودررویی با نظام
از جمله کارهای این سازمان در ابتدای انقلاب آن بود که در هنگام پیروزی انقلاب و در زمان تصرف پادگان‌ها و کلانتری‌ها و دیگر مراکز نظامی به دست مردم انقلابی (که اسلحه بی‌شماری به دست مردم افتاد) اعضای این سازمان طبق دستور تشکیلاتی، به صورت منسجم و گسترده به جمع‌آوری این سلاح‌ها و انتقال آنها به مخفیگاه‌هایی دست زدند و بعد نیز که مسئولین نظام اعلام کردند کسانی که از این طریق سلاح به دست آورده‌اند آنها را به مساجد تحویل دهند، سازمان مجاهدین خلق رسماً از این امر استنکاف ورزید. این یکی از دلایلی است که علاوه بر دلایل متعدد دیگر (از جمله خاطرات مبارزین و دست اندر کاران) نشان می‌دهد که سازمان از ابتدای انقلاب قصد داشته و می‌دانسته است که روزی با جمهوری اسلامی وارد جنگ مسلحانه خواهد شد و لذا خود را تجهیز می‌نموده است. از دیگر اعمال سازمان در ابتدای انقلاب آن بود که خط نفوذ در سازمان‌ها و نهاد‌ها و ارگان‌های مختلف را بشدت پی گرفت و بعدها هم توانست با استفاده از همان نفوذی‌ها ضرباتی به نظام نوپای جمهوری اسلامی بزند. اینکه نفوذی‌های سازمان، وابستگی تشکیلاتی خود را به هیچ وجه نشان نمی‌دادند و حتی خود را ضد سازمان منافقین هم معرفی می‌کردند، علاوه بر نفاق سازمان، جلوه دیگری از همان قصد و نیت سازمان برای رودررویی دیر یا زود با نظام است.از دیگر رویکردهای سازمان آن بود که در عین آنکه هیچ روحانی‌ای را قبول نداشتند و طبق ایدئولوژی التقاطی مارکسیسم زده خود، اساساً آنها را وابسته به طبقه‌ای می‌دانستند که توانایی درک صحیح مسائل را ندارند، با این حال با سوء استفاده از تفکرات و روحیات برخی روحانیون بعضاً موجه و مطرح، خود را به آنها نزدیک نموده و از این نزدیکی جهت مطرح کردن خود در جامعه سوءاستفاده می‌نمودند. از این روحانیون می‌توان به آیت‌الله طالقانی، شیخ حسن لاهوتی و شیخ علی تهرانی اشاره نمود.البته سوءاستفاده‌ها و نسبت‌دادن مطالب خلاف واقع به آیت‌الله طالقانی از طرف سازمان پس از وفات ایشان (که دیگر نمی‌توانست آنها را تکذیب کند) بیشتر هم شد.همین سنخ برخوردهای سازمان با مسائل، علاوه بر تمسک‌شان به اسلام در عین داشتن تفکرات بنیاناً مارکسیستی و ماتریالیستی، موجب شد که در جامعه به آنها لقب منافقین داده شود. البته این اصطلاح ظاهراً اولین بار توسط شهید بصیر، آیت‌الله مطهری به کار برده شده بود؛ ایشان در بخشی از همان نامه خصوصی خود به امام خمینی در سال 56، این سازمان را «منافقین خلق» خوانده بود. (نامه تاریخی استاد مطهری به امام خمینی، صفحه 18)به محض پیروزی انقلاب اسلامی، منافقین طبق باورهای ایدئولوژیک خود به سمت همگرایی با دیگر گروه‌های چپ میل کردند و از آنجا که گروه‌های چپ در آن زمان بعضاً در لباس گروه‌های تجزیه‌طلب در کردستان و سیستان و ترکمن صحرا خودنمایی می‌کردند، عملکرد منافقین هم در حمایت آنها قرار گرفت ولی به گونه‌ای که دست سازمان منافقین چندان آشکار نباشد؛ چرا که به اصطلاح خود منافقین، آنها هنوز در فاز سیاسی قرار داشتند و نباید به رودررویی مستقیم با نظام می پرداختند.گذشته از اینها همواره درگیری‌ها و زد و خوردهای پراکنده‌ای بین طرفداران و اعضا و میلیشای منافقین (اعضای شبه‌نظامی منافقین) و نیروهای طرفدار نظام و نهادهای انقلابی در سراسر کشور وجود داشت ولی علی رغم اینها، هنوز سازمان خود را به صور علنی و مطلق رودرروی نظام قرار نداده بود.
وزن کِشی سیاسی منافقین و همبستگی روزافزون با بنی صدر
اولین نمودهای رسمی مخالفت این گروهک با نظام، به تحریم همه پرسی تأیید قانون اساسی جمهوری اسلامی توسط سازمان بر می‌گردد. علت اصلی این امر، مخالفت آنان با اصل ولایت فقیه بود. در انتخابات بعدی برگزار شده در جمهوری اسلامی (که انتخابات ریاست جمهوری بود) مسعود رجوی خود را نامزد کرد ولی به دلیل آنکه امام اعلام نمودند کسانی که به قانون اساسی رأی نداده‌اند صلاحیت رئیس‌جمهور شدن را ندارند، رد صلاحیت شد. اولین وظیفه رئیس‌جمهور اجرای قانون اساسی و پاسداری از آن است و بدیهی است کسی که یک قانون اساسی و مهمترین محور آن را قبول ندارد نمی‌تواند مجری آن و از آن مهمتر نگهبان آن باشد.اما اتفاق جالب تر در انتخابات بعدی رخ داد. انتخابات اولین دوره مجلس شورای اسلامی به فاصله اندکی پس از انتخابات ریاست جمهوری برگزار شد. در این انتخابات مسعود رجوی هم کاندیدای نمایندگی تهران بود. او نه تنها در دور اول رأی نیاورد و به دور دوم رفت، بلکه در دور دوم هم با وجود حمایت رسمی برخی شخصیت‌ها (از جمله مهندس بازرگان) باز هم موفق به راهیابی به مجلس نشد و رأی اندکی کسب نمود.از همین زمان بود که به موازات بیشتر شدن درگیری‌های هواداران سازمان با مردم و نهادهای انقلابی در سراسر کشور، تلاش سازمان جهت نزدیکی به رئیس‌جمهور منتخب (ابوالحسن بنی‌صدر) هم افزایش یافت. قرار گرفتن منافقین در کنار بنی‌صدر موجب شد که او (که خود نیز چندان در مسیر اصیل انقلاب نبود) روز به روز بیشتر از نظام فاصله بگیرد و با کانالیزه شدنش توسط منافقین، دچار اشتباهات متعدد محاسباتی شود و گمان کند می‌تواند در مقابل امام قد علم نماید.
