رهبر: مسعود رجوی
رئیس‌ جمهور: مریم رجوی
دبیرکل: زهره اخیانی
بنیانگذاران: محمد حنیف‌نژاد، سعید محسن و اصغر بدیع‌زادگان
بنیانگذاری: ۱۳۴۴
مرام: مارکسیسم اسلامی
پس از سرکوب قیام 15 خرداد، محمد حنیف‌نژاد (م 1317)، سعید محسن (م 1318) و سپس علی‌اصغر بدیع‌زادگان (م 1319) که هر سه دانشجو و همسال بودند و پیشتر با جبهه ملی و نهضت آزادی همکاری می‌کردند، درباره‌ شیوه مبارزه به گفت وگو پرداختند و به این نتیجه رسیدند که شیوه‌های مسالمت‌آمیز، مبارزات را به جایی نخواهد رساند و تنها راه سرنگونی رژیم، مبارزه‌ مسلحانه است. اینان در سال 1344 بدون اینکه نامی بر خود بگذارند، هسته‌ اولیه گروه را تأسیس کردند و گروه در ابتدا به عضوگیری پرداخت. آنها توانستند علی میهن‌دوست، عبدالرسول مشکین‌فام، حسین روحانی و چند نفر دیگر را به عضویت گروه درآوردند. مطالعات گروه با خواندن کتاب‌های بازرگان، طالقانی و کسروی و قرآن و نهج‌البلاغه آغاز شد و نتیجه مطالعات ایدئولوژیک گروه تهیه چند کتاب آموزشی برای اعضا شد. یکی از مباحث عمومی گروه، تعیین استراتژی و خط مشی بود.
گروه، پس از مباحث و مطالعات به این نتیجه رسید:
1 ـ تنها راه سرنگونی رژیم شاه جنگ مسلحانه است؛
2 ـ هم‌اکنون شرایط مبارزه مسلحانه در جامعه بالقوه موجود است و روشنفکران انقلابی می‌توانند با آغاز مبارزه، این قوه را به فعل تبدیل کنند؛
3 ـ برای آغاز عملیات، احتیاج به حداقل آمادگی نظامی است.
بر این اساس، در سال 1348 کادر رهبری تصمیم گرفتند عده‌ای از اعضا را برای آموزش نظامی به اردوگاه‌های فلسطینی اعزام کنند. نخستین گروه از جمله بدیع‌زادگان و تراب حق‌شناس به سوریه رفتند و در پایگاه شهید سلاله به آموزش نظامی پرداختند. گروه دیگری در سال بعد رهسپار دبی شدند. گروه شش نفره به اتهام سرقت در بازار دبی دستگیر شدند. پلیس دبی پس از بازجویی‌های فراوان به این نتیجه رسید که دستگیرشدگان را به پلیس ایران بسپارد. مرکزیت در تهران تصمیم گرفت با راهنماییی دفتر الفتح، هواپیمای حامل دستگیرشدگان را برباید. تصمیم عملی شد و هواپیما توسط سه نفر از اعضای دیگر، حسین روحانی، سید محمد صادق دربندی و رسول مشکین‌فام ربوده و به عراق برده شد. دولت عراق که به ربایندگان هواپیما مشکوک شده بود، آنها را تحت شدیدترین شکنجه‌ها قرار داد. ربایندگان هواپیما با پا درمیانی سازمان الفتح آزاد شدند.
اعضای اصلی سازمان که عملیات ربایش هواپیما را در آسمان خلیج فارس پیروزی بزرگی تلقی می‌کردند، اصرار می‌ورزیدند که گروه هر چه زودتر باید وارد عملیات شود و موجودیت خود را اعلام کند. بر این اساس، مرکزیت تصمیم گرفت مقادیری سلاح و مهمات تهیه و خود را برای رویارویی با رژیم که در تدارک برگزاری جشن‌های 2500 ساله بود، آماده کند. ناصر صادق، مسئول تهیه سلاح از اعضای مرکزیت با یکی از آشنایان منصور بازرگانی به نام مراد دلفانی تماس می‌گیرد و چند قبضه اسلحه از وی درخواست می‌کند. ساواک ظاهراً از طریق دلفانی پی به تشکیلات می‌برد و همه مراکز رفت و آمد و خانه‌های تیمی آنها را شناسایی می‌کند. پلیس در روز 1 شهریور 1350، کلیه خانه‌های امن تشکیلات را مورد هجوم قرار داد و موفق شد تا آبان ماه، بیشتر کادر رهبری و اعضای آن را دستگیر نماید.
چند روز بعد، پنجم مهر، بدیع‌زادگان و چند روز بعد مشکین فام دستگیر شدند و سرانجام در روز سی ام مهر خانه امن حنیف‌نژاد مورد هجوم قرار گرفت و وی به همراه چند نفر دیگر دستگیر شدند و بدین گونه با دستگیری یازده عضو مرکزیت از چهارده عضو، این تشکیلات قبل از هر عملی منهدم شد. تنها اعضای باقی مانده؛ احمد رضایی، حسین روحانی و حق‌شناس ـ که در آن زمان خارج از کشور بودند ـ با کمک کاظم ذوالانوار و محمود شامخی دوباره مرکزیت را راه‌اندازی کردند؛ ولی احمد نیز در یازدهم بهمن ماه به محاصره نیروهای رژیم درآمد و مجبور شد با سیانور خودکشی کند.
سرانجام تشکیلاتی که می‌خواست با آغاز عملیات، توده‌های مردم را به قیامی مسلحانه علیه رژیم برانگیزاند، قبل از هر اقدامی متلاشی شد. رژیم نیز به سرعت کار محاکمه را آغاز کرد. در 26 بهمن، نخستین دادگاه نظامی، کار رسیدگی به اتهامات سران سازمان را آغاز کرد و سرانجام پنج نفر را به اعدام محکوم کرد و چهار نفر از آنان: محمد بازرگانی، علی باکری، ناصر صادق و علی میهن‌دوست را در سی ام فروردین 1351 تیرباران کرد و مسعود رجوی را عفو قرار داد. رژیم محاکمه گروه دوم را نیز آغاز کرد و عده‌ای را به حبس و اعدام محکوم نمود.
با ضربه شهریور 1350 تا آبان آن سال، تمام بنیانگذاران سازمان دستگیر شدند.
پس از دستگیری حنیف نژاد و فرار رضا رضائی، مدتی رهبران سازمان به دست احمد رضایی افتاد. با کشته شدن رضا رضایی و احمد رضایی، و دستگیری کاظم ذوالانوار، زین العابدین حقائی و آقای محمدی، بهرام آرام و تقی شهرام به مرکزیت سازمان دست یافتند. در شهریور ماه سال 1352، مجید شریف واقفی در راس مرکزیت سازمان قرار گرفت.
سازماندهی سازمان در این زمان به سه شاخه در مرکزیت تقسیم شد که عبارتند از:
1 ـ شاخه سیاسی (با مسئولیت تقی شهرام)
2 ـ شاخه نظامی (با مسئولیت بهرام آرام)
3 ـ شاخه کارگری (با مسئولیت مجید شریف واقفی)
هر چند سازمان به سه شاخه تقسیم شده بود، رهنمودها و جمع بندی های اصلی از سوی شاخه تقی شهرام ارایه می شد.
تقی شهرام به همراه ناصر جوهری در سال 1348 توسط محمد حیاتی و رضا باکری به عضویت سازمان مجاهدین خلق درآمد. وی در جریان ضربه شهریور 1350 دستگیر شد و از طریق دادگاه های نظامی وقت به ده سال زندان محکوم شد. او در زندان های قزل قلعه، علاوه بر آن که مسئولیت آموزش سیاسی دانشجویان زندانی را برعهده داشت، ارتباط وسیعی با زندانیان مارکسیست سایر گروه ها برقرار کرد و در نتیجه به معلومات مارکسیستی خود افزود.
مارکسیست ها در برخورد هر مسأله ای موضعی ایدئولوژیک داشتند، درباره هنر، موسیقی، طبقات مختلف، تاریخ و... به طور مشخص و دسته بندی شده جواب می دادند. همچنین انسجام ظاهری از عواملی بود که شهرام را جذب مارکسیسم کرد.
شهرام در سال 1351، به همراه حسین عزتی به زندان ساری تبعید شد. او که در این زمان به مارکسیسم گرایش یافته بود در سال 1352 به کمک یکی از اعضای سازمان تحریک های فدائی که با او در زندان بود و با کمک افسر زندان به نام ستوان احمدیان به اسلحه خانه دستبرد زده و به همراه تعدادی اسلحه کمری و بی سیم از زندان ساری فرار کردند. هم سلولی شهرام نیز به مجاهدین پیوست.
برخی فرار شهرام از زندان ساری را طراحی از سوی ساواک تلقی کرده اند. به هر ترتیب او در راس یکی از سه شاخه مجاهدین قرار گرفت و از خلأ موجود در کادر رهبری سازمان مجاهدین بهره جست. وی مطالعات وسیعی در زمینه اصول مارکسیستی داشت و کتبی مانند زمینه تکامل اجتماعی با دو ترجمه پرویز بابایی و دکتر پورکاشانی را در میان سمپات ها ترویج می کرد و به تدریج آموزش مارکسیستی جایگزین آموزش اسلامی شد.
در 25 خرداد 1352 اعضای مرکزی و در شهریور همان سال کادرهای درجه اول سازمان گردهمایی هایی در کرج تشکیل دادند که طی آن به این نتیجه رسیدند که «آموزش های دینی در سازمان متوقف شود، چرا که با آموزش های دینی هفده نظر بنیادین، ایجاد و در نتیجه انشعاب با بار مسلحانه در سازمان ایجاد خواهد شد». در یکی از جلسات، بهرام آرام اذعان کرده بود که «وظیفه اصلی ما این است که سازمان را در برابر ساواک، امپریالیسم و صهیونیست و ارتجاع حفظ کنیم» در نتیجه به خاطر حفظ وحدت در چنین سازمانی، آموزش های دینی و قرانی کنار گذارده شد».
در نشست کرج، که بهرام آرام، تقی شهرام، وحید افراخته، مجید شریف واقفی، علیرضا سیاسی، ناصر جوهری و...همه کادرها حضور داشتند، موافقت شد که اعضا آموزشهای قرآنی را کنار گذارده و آموزش های علمی نظیر «دیالکتیک محصول علم» جایگزین آن شود که به تدریج دیالکتیک محصول علم جای خود را به دیالکتیک مارکسیستی داد. همزمان با این تصمیم کتب مارکسیستی ترجمه و به وفور در دسترس قرار گرفت، به ویژه آنکه مارکسیست ها در ویتنام، شاخ آفریقا و... حماسه می آفریدند. بدین ترتیب، اعضای سازمان مجاهدین به تدریج تغییر ایدئولوژی را زمزمه کردند در تغییر مواضع ایدئولوژیک مجاهدین به این نتیجه رسیده بودند که «اسلام ایدئولوژی طبقه متوسط است، در صورتی که مارکسیسم «رهایی طبقه کارگر» محسوب می شود
شاخه تقی شهرام نماز دسته جمعی را ممنوع و واژه رفیق را جایگزین واژه برادر کرد. دومین شاخه نیز که به وسیله بهرام آرام رهبری می شد بعد از مناقشات داخلی شدید همان راه را طی کرد و شاخه سوم که به وسیله شریف واقفی رهبری می شد با اقلیت قابل توجهی که علیه رهبران خود رای دادند از مارکسیست ها جدا شدند.
به تدریج، آیات قرآن از حاشیه، کتاب شناخت حذف شد و کتبی مانند «چگونه انسان غول شد»، چگونه می توان یک کمونیست خوب بود رایج شد
در اردیبهشت سال 1353 اطلاعیه سیاسی ـ نظامی شماره 22 سازمان مجاهدین پیرامون ترور دو مستشار امریکایی با حذف آیه قرآن (آرم سازمان) تکثیر شد.
یک هفته پس از آن ترور مستشاران به دست وحید افراخته و محسن خاموشی در خرداد 1354 در جلسه ای اضطراری خانه تیمی که احمد احمد در آن حضور داشت، برخی اعضای سازمان اعلام کردند که «پس از مطالعات و بررسی های عمیق کارشناسانه به این نتیجه رسیدیم که اسلام نمی تواند جوابگوی نیازهای ما باشد و تنها مارکسیسم است که علم مبارزه است...»
«از اواخر سال 1352 چندین انشعاب جدی در سازمان مجاهدین رخ داد که به اصطلاح تغییر و تحولات ایدئولوژیک بود. اولین انشعاب توسط «شاه کرمی» تحت عنوان گروه «مهدیون» با تعداد کمی تشکیل شد، اما در زمستان 53 وی به دست ماموران رژیم پهلوی به قتل رسید و بقایای این سازمان بعد از پیروزی انقلاب اسلامی در گروه مجاهدین انقلاب اسلامی ادغام شدند.
دومین انشعاب در اواسط سال 1353 توسط شریف واقفی و صمدیه لباف به دنبال علنی شدن ایدئولوژی مارکسیستی صورت گرفت. در این زمان شریف واقفی به همراه شهرام و آرام در مرکزیت سازمان بود. شریف واقفی مخالفت علنی خود را با ایدئولوژیکی مارکسیست پس از یک سال علنی کرد
سومین انشعاب که به «هسته مذهبی» در نزد اعضای سازمان مجاهدین مشهور بود، شامل افراد سابق سازمان و برخی از افرادی که تازه از زندان آزاد شده و در گذشته در مسائل تشکیلاتی سازمان بودند این افراد به وسیله گروه ساواکی سیروس نهاوندی تا پاییز 1355 یا کشته شدند یا دستگیر و پراکنده شدند و سرانجام هسته متلاشی گردید
در بیانیه تغییر مواضع ایدئولوژیک سازمان مجاهدین که توسط شهرام تهیه و تنظیم شد با صراحت به اعدام انقلابی ناصر خائن به زعم خود وی و توطئه گری شریف واقفی و صمدیه لباف و عده ای دیگر اشاره شده است. در میان همان بیانیه اعتراف شده است که حدود 50% اعضای سازمان که بسیاری از آنها مخفی بوده اند تصفیه شدند و بدون پوشش در معرض تهاجم پلیس و ساواک قرار داده شده اند. در صفحات 15 تا 13 اطلاعیه بخش مارکسیست لنینیستی سازمان مجاهدین، کادر رهبری مسئول اعدام و سرکوب مخالفان معرفی شده است.
به دنبال ترور شریف واقفی و صمدیه لباف سازمان مجاهدین در سراشیبی سقوط افتاد. بهرام آرام در درگیری با پلیس کشته شد، بسیاری از اعضای سازمان توسط ساواک و پلیس دستگیر شدند
تقی شهرام به همراه عده ای از مجاهدین و ضد انقلابیون در سحرگاه روز 2 مرداد 1359 به جرم به شهادت رسانیدن مجید شریف واقفی، میرزا جعفر علاف، جواد سعیدی، و زخمی کردن صمدیه لباف و به دنبال آن شهادت وی، اعدام شد. بعد از پیروزی انقلاب اسلامی نام دانشگاه آریامهر به دانشگاه صنعتی شریف تغییر نام یافت.
در نهایت ممکن‌ترین راه چاره در زندان را جدایی کامل مسلمانان از مارکسیست‌ها تشخیص دادند. بر این اساس متنی را تهیه کردند تا مؤمنین آن را حفظ کنند و به اطلاع زندانیان مسلمان برسانند.
سازمان در دوره دوم خود از خرداد 1351 تا اردیبهشت 1354 دست به یک رشته عملیات بمب‌گذاری و ترور زد  که عملیات بمبگذاری خصوصاً به علت سانسور شدید، هیچ اثر تبلیغاتی نداشت و تنها عملیات‌هایی که منجر به کشته شدن عابرین یا افراد بی‌گناه می‌شد، رژیم آن را بهانه‌ای برای تبلیغات خود علیه مبارزان قرار می‌داد.
متهم‌ترین عملیات بمب‌گذاری سازمان عبارت بود از: انفجار بمب در اداره اطلاعات آمریکا، انجمن ایران و آمریکا، سفارت اردن، شرکت نفتی شل، سینما شهر فرنگ مشهد، کارخانه نخ‌‌ریسی مشهد.
دیگر ترورها:
1 ـ ترور سرتیپ طاهری، رئیس کل زندان‌های شهربانی در 22/5/1351،
2 ـ ترور سرهنگ هاوکینز، مستشار نظامی آمریکا در 12/3/1353،
3 ـ ترور سرهنگ جک ترنر و سرهنگ پل شقر، مستشاران نظامی آمریکا در 31/2/1353.
پس از اعلام تغییر ایدئولوژیک، سازمان به حال فروپاشی رسید. رهبران سازمان به این نتیجه رسیدند که باید دست به یک عملیات پرسروصدا زد؛ لذا در 6 شهریور 1355 سه کارشناس فنی آمریکایی به نام‌های روبرت گرون گارد، ویلیام کاترل و دونالد اسمیت که در شرکت آمریکایی راکول مشغول کار بودند، به وسیله سازمان ترور و به قتل رسیدند. بعد از این عملیات سازمان دچار فروپاشی شد و اعضا به این نتیجه رسیدند که مشی مسلحانه صحیح نبوده است و باید مبارزه سیاسی کرد
بدیهی بود که عملیات نظامی بدون پشتوانه‌ای مردمی از لحاظ سیاسی و تبلیغاتی نمی‌توانست حساسیتی را برانگیزد و در نتیجه عملیات نظامی بدون تأثیرگذاری اجتماعی یک عملیات بی‌حاصل بود. به علاوه، چند عملیات تروریستی و کشتن چند مهره دست چهارم هم نمی‌توانست ضربه‌ای به رژیم محسوب شود، اما در مقابل رژیم توانست از سال 1350 تا 1356 بزرگ‌ترین ضربه را به گروه‌های چریکی وارد کند.
در نهایت سازمان با نوع مرکزیت گرایی که این مسأله با اعدام رهبری سه نفره و کادر اصلی سازمان در بهار 51 آغاز شد. به رغم وجود اعضای دیگر سازمان، پس از اعدام های صورت گرفته مسعود رجوی و موسی خیابانی توانستند مرکزیت یابند و به نحوی خود را وارث جلوه دهند، این دو، افراد را به دور خود جمع کرده و مخالفان را کنار زدند. این مرکزیت همان است که از سال 57 به بعد بعنوان سازمان مجاهدین خلق را به خود اختصاص داد. با استناد به اظهارات اعضای قدیمی سازمان رجوی علاوه بر مطالعه کتب مربوط به سازماندهی در زمینه حرکات فرقه گرایانه تاریخ ایران نیز مطالعاتی داشته است تا فرهنگ مرادسازی و مریدپروری را بیاموزد
در سازمان بخشی بود به نام بخش اطلاعاتِ انجمن ها که اغلب بچه هایی که در آن بخش بودند زبان محلی می دانستند.
معمولاً نخبه ترین و تیزترین افراد را برای آن بخش انتخاب می کردند... از بخش اطلاعات انجمن ها در حوالی مهرماه 63 خواسته بودند که در مورد فرقه های مذهبی در غرب تحقیقاتی بکنند بهانه شان نیز این بود که امپریالیست ها دارند از طریق فرقه های مذهبی خط و خطوطی را پیش می برند که می خواهیم ببینیم دارند چه کار می کنند و کارکرد این فرقه ها چیست؟در واقع آن موقع رجوی می دانسته تشکیلات دارد از هم می پاشد و نیاز داشت که ببیند فرقه های مذهبی در غرب چه طور عمل می کنند تا آن را الگو قرار دهد.
پس از پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، زندانیان سیاسی همگی آزاد شدند و بخش مذهبی سازمان مجاهدین خلق به رهبری موسی خیابانی و مسعود رجوی اقدام به یارگیری در بین قشرها مختلف جامعهٔ ایران کردند
با پیروزی انقلاب ۱۳۵۷ ایران، مجاهدین خلق این واقعه را به آیت‌الله خمینی و ملّت ایران تبریک گفتند و او را «امام» نامیدند و مسعود رجوی به همراه موسی خیابانی به دیدار آیت‌الله خمینی رفتند. مجاهدین با استفاده از فضای آزادتری که پدید آمده بود، با بالاگرفتن تب فعّالیت‌های سیاسی همچون سایر احزاب به سرعت رشد کرد.
در پی تعیین صلاحیت نامزدهای اولین انتخابات ریاست جمهوری در سال ۱۳۵۸، مسعود رجوی به عنوان کاندید سازمان مجاهدین، اعلام آمادگی نمود
آیت‌الله خمینی اعلام کرد کسانی که به قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران رأی مثبت نداده‌اند، صلاحیت ندارند، رئیس جمهور ایران شوند با اعلام نظر آیت‌الله خمینی، رجوی از دور انتخابات کنار رفت
به دنبال کشمکش‌ها و اختلاف نظرهای رئیس جمهور وقت، ابوالحسن بنی‌صدر با حزب جمهوری اسلامی و تلاش ناموفقش در جهت سلب اختیارات آنان و در نتیجه از دست دادن حمایت آیت‌الله خمینی، از آن‌جا که او به تنهایی توان مقابله با مخالفانش را نداشت و پیش‌تر هیچ‌گاه به ایجاد یک حزب و یا ائتلاف اقدام نکرده بود، با مجاهدین خلق که پیش‌تر از آن‌ها به شدت انتقاد کرده بود، متحد شد. در اواخر ماه خرداد او که برای حفظ جان خویش در اختفا به سر می‌برد، مردم را به قیام فراخواند. مجاهدین خلق نیز در پی تعارضات شدید با نظام جمهوری اسلامی در سال ۱۳۵۹، از بنی‌صدر حمایت کرده و در تاریخ ۲۹ خرداد ۱۳۶۰ از هوادارانشان خواستند تا علیه نظام به خیابان‌ها بریزند
سازمان اعلام مبارزه مسلحانه با جمهوری اسلامی کرد در روز هفتم تیر ۱۳۶۰ در حالی که در دفتر حزب جمهوری اسلامی، اجلاسی از سران آن در حال برگزاری بود، بمب قدرتمندی منفجر شده و بیش از هفتاد تن از مقامات بلندپایه حکومتی از جمله، دبیرکل حزب و رئیس دیوان عالی کشور بهشتی، چهار تن از وزرای کابینهٔ دولت، ۲۳ نمایندهٔ مجلس و چندین تن از دیگر مقامات ترور شدند.
در اوایل سال 61 و لو رفتن بسیاری از خانه های تیمی، سازمان دستور داد افراد مشکوکی را که در حوالی خانه های تیمی مشاهده می کنند ربوده و آنها را برای کسب اطلاعات مورد شکنجه قرار دهند. این عملیات نوظهور توسط سازمان عملیات مهندسی نام گرفت... تحلیل در مورد عملیات مهندسی نیز این بود که: کار مهندسی خیلی پیچیده تر از کار عملیاتی است و احتمال بریدن هست. ما شکنجه می کنیم چون مجبوریم ولی وقتی که حاکم بشویم، نمی کنیم. در پی این رهنمود سازمان در مرداد ماه سال 61 افراد سازمان سه پاسدار به نام های طالب طاهری، محسن میرجلیلی و طهماسبی را ربوده و پس از انتقال آنها به محلی امن برای گرفتن اقرار و به قصد انتقام آنها را تا سرحد مرگ شکنجه کردند. اعضای سازمان ناخن های نام بردگان را با انبردست کشیده، پشت و شکمشان را با اتو داغ کردند و سپس جسدشان را به آتش کشیدند.
مدتی بعد از انفجار دفتر حزب، کرسی ریاست جمهوری به محمدعلی رجایی سپرده شد و به سمت دبیر کل حزب جمهوری اسلامی انتخاب شد. هم چنین وی محمدجواد باهنر را به مقام نخست‌وزیری خویش برگزید. مسعود رجوی و ابوالحسن بنی‌صدر که در خفا به سر می‌بردند، توسط خلبان اختصاصی شاه سابق ایران، بهزاد معزی، طی یک عملیات پروازی از پایگاه یکم شکاری مهرآباد بوسیله یک جت با آرایش زنانه از کشور خارج و در فرودگاه پاریس فرود آمدند.
رجوی و بنی‌صدر به همراه برخی گروه‌های دیگر، شورای ملی مقاومت را برای مبارزه با نظام جمهوری اسلامی تشکیل دادند
دو ماه پس از حادثهٔ بمب‌گذاری ماه تیر، در انفجار مهیب دیگری در دفتر ریاست جمهوری به تاریخ ۸ شهریور، رجایی و باهنر ترور شدند. گرچه هیچ گروهی مسئولیت بمب‌گذاری‌ها را برعهده نگرفت، اما جمهوری اسلامی، مجاهدین خلق را عامل این اقدامات اعلام نمود.
با این وجود مجاهدین مسئولیت دیگر ترورها را پس از عزل بنی‌صدر پذیرفتند. از جمله ترورهایی که در فاصله چند ماه اتفاق افتاد، می‌توان به ترور امام جمعه شهرهای تبریز، کرمان، شیراز، یزد و باختران، یک استاندار، سرپرست زندان اوین، تنی چند از قضات دادگاه‌های انقلاب، نمایندگان مجلس، مقامات پایین رتبه دولتی و اعضای سازمان‌های انقلابی اشاره کرد.
در تاریخ ۵ مهر ماه ۱۳۶۰سازمان هواداران جوانش را برای اعتراض و درگیری مسلحانه با عوامل حکومتی به خیابان‌ها فرستادند آنان از تیربار و نارنجک‌انداز آر پی جی علیه نیروهای سپاه پاسداران استفاده نموده و برخی از گروه‌های کوچکتر چپ‌گرا همچون چریک‌های فدایی، دست به اقدامات چریکی مشابهی زدند.
در روز ۱۹ بهمن ۱۳۶۰ نیروهای سپاه پاسداران موفق به کشف محل اختفای اصلی رهبران مجاهدین در تهران در محلهٔ زعفرانیه شده و پس از محاصرهٔ آن محل و درگیری مسلحانه آن را تصرف کردند. در این واقعه ۲۳ نفر از جمله موسی خیابانی مرد شماره دو سازمان، آذر رضایی همسر موسی خیابانی و اشرف ربیعی، همسر اول مسعود رجوی، کشته شدند.
ویژگی ترورشدگان در اوایل انقلاب برای ترورشدن چندان منحصر به فرد نبود صرفاً داشتن ریش، شلوار پلنگی یا 6 جیب، همراه داشتن عکس امام با خود یا در محل کار، عامل مهمی برای ترور به حساب می آمد، استدلال تروریست ها (سازمان مجاهدین خلق) برای انجام ترورها این بود که این ها افرادی حزب الهی هستند و خانه های تیمی سازمان توسط همین افراد شناسایی شده و لو می رود. بعد از طرح مسأله زدن سرانگشتان رژیم توسط سازمان در سال 60 تعداد ترورهای به اصطلاح کور رو به فزونی می گیرد. ترورهای کور آن دسته ترورهایی هستند که بدون انتخاب قبلی و شناسایی سوژه انجام می شود.
در سال ۱۹۸۶ میلادی دولت فرانسه مجاهدین را به خروج از پاریس مجبور کرد و مسعود رجوی به صدام حسین پناه برد و از آن پس مرکز استقرار آنها شهر بغداد پایتخت عراق شد. مجاهدین به تأسیس شهری در شمال بغداد، در استان دیاله اقدام کردند. این شهر که شهر اشرف نامیده می‌شد
پس از انتقال اعضا به عراق، زوج‌ها ملزم به جدایی از یکدیگر شدند و سازمان فرزندانشان را به اروپا منتقل کرد بسیاری از آنان دیگر فرزندانشان را ندیدند
پس از بازگشت مسعود رجوی در سال ۱۳۶۵ به عراق، در سال ۱۳۶۶ مجاهدین، ارتش آزادی‌بخش ملی رابه منظور سرنگونی نظام جمهوری اسلامی، تأسیس کرده و در سراسر مرز ایران و عراق، دست به تهاجم علیه نیروهای جمهوری اسلامی زدند و تا مرداد ۱۳۶۷ بیش از صد رشته عملیات نظامی علیه ایران انجام دادند.
و عملیات های که سراسر خیانت بود از جمله چلچراغ - آفتاد - فروغ جاویدان را زیر چتر صدام علیه مردم ایران برای بدست آوردن قدرت انجام دادند
سازمان مجاهدین خلق از سال 58 به بعد به فرقه تبدیل شد و تعطیلی آموزش های ایدئولوژیک و جمع آوری کتب قدیمی سازمان، تقدیس رهبری رجوی، نحوه برخورد با موضوع خانواده، طلاق های تشکیلاتی، انقلاب های ایدئولوژیک و نظام بسته و کنترل شده روابط درون تشکیلاتی را شروع کرد
وزارت امور خارجه آمریکا 16 مهر 76 سازمان مجاهدین خلق و 29 سازمان و گروه خارجی دیگر را رسماً به عنوان سازمان های تروریستی اعلام کرد.
سازمان تا زمانی که مکان مشخصی نداشت نتوانست ماهیت اصلی خود را در برخورد با منتقدین نشان دهد از این رو به محض ورود به عراق زندان های بزرگی بر پا کرد. قرارگاه اشرف دارای بخشی به نام قضایی است که مسئولیت زندان های سازمان را برعهده دارد. این بخش که مسئول آن نادر رفیعی نژاد بود همه گونه مشخصات یک مجموعه قضایی را دارد. متهم که همان متقاضی خروج از سازمان یا به نحوی معترض است ابتدا به سلول انفرادی فرستاده می شود. پس از مدتی به دادگاه خوانده می شود، در این دادگاه رئیس، دادستان و بازجو یک نفر است و متهم نمی تواند وکیل مدافع داشته باشد. در این دادگاه متهم موظف است فرمی را امضا کرده و از رهبری سازمان طلب مغفرت کند اگر امضا نکرد به دستور رئیس دادگاه توسط گروه ضربت آن قدر تحت فشار قرار می گیرد تا به کار مزبور تن در دهد. از موارد شکنجه می توان آنچه را که در ذیل می آید بیان کرد: رجوی به عنوان رهبر مذهبی فتوای سیلی زدن را صادر کرد، وی در نشست طلاق روز 27 شهریور 70 در قرارگاه اشرف اظهار داشت که اگر بریده ای بخواهد مبلغ خمینی گرایی باشد، از جانب من دو سیلی بر بناگوش او بنوازید.
قطع آب گرم حمام در زمستان، از کار انداختن سیستم تهویه در شهرهای گرم عراق، دست های فرد را از پشت بسته و در گوش او نعره های گوش خراش سر می دهند و در عین حال او را کتک می زنند. به عنوان نمونه می توان از محمدحسین سبحانی نام برد که توسط ابراهیم ذاکری، نادر رفیعی نژاد و حسن محصل در تیرماه 78 تحت وحشیانه ترین شکنجه ها قرار گرفت. معبد یا کتک زدن تیمی، اتاق فوتبال، دهلیز قبر و کفن پیچ و... .
از جمله اتهاماتی که افراد می توانند داشته باشند این است که:
عدم پذیرش بحث انقلاب ایدئولوژی مجاهدین مبنی بر عدم ازدواج تا آخر عمر.
مخفی کردن غذا و پوشاک برای فرار، عدم شرکت در نشست های تفتیش عقاید و یا فعال نبودن در این نشست ها، کنار کشیدن از مسائل و مشکلات مجاهدین، گوش کردن به رادیوهای فارسی زبان یا بیگانه مثل رادیو بی بی سی و امریکا، اعتقاد به این که عملیات خمپاره باران در شهرها جواب نداد، درخواست کمک از خانواده برای جدایی از سازمان و... است
منافقین در عراق به دلیل خوش خدمتی ها از جمله سرکوب کردهای مخالف صدام و عده ای از مبارزان شیعی در نخلستان های اطراف کوت و العماره در سال 70 از صدام جایزه گرفتند و به ارقام بالای امتیازات مالی و نظامی دست یافتند. آنها روز به روز موقعیت خود را در عراق تثبیت می کردند که با شنیدن زمزمه های حمله آمریکا به عراق نیت ورود به مذاکره با امریکایی ها را در سر نشاندند و چه بسا که از قبل اعلام بی طرفی کردند. یازده روز قبل از عاشورای سال 81 (مصادف با 23 اسفند ماه) یعنی در تاریخ 12 اسفند 81 (17 روز قبل از حمله امریکا) نشستی عمومی با نام نشست عاشورا در قرارگاه اشرف برگزار شد. رجوی در این نشست اکیداً به کار تبلیغی و تهییجی پرداخت و وانمود کرد که امروز آن روز (عاشورا) است و حتی زیارت عاشورا خواند. در آن موقع افراد حاضر در نشست نمی دانستند که رهبری سازمان قصد فرار دارد و نشست به همین دلیل 11 روز زودتر برگزار شده است. منتهی با این هدف که فیلم آن روز عاشورا پخش شود. بعدها نیروها می گفتند: در نشست عاشورا چراغ ها را خاموش کردند و وقتی روشن شد هیچ کس نرفته بود الا رجوی و مریم قجر.
روز چهارشنبه 21 ژوئیه 2004 / 31 تیر 1383 سرلشکر جی. د. میلر معاون فرماندهی نیروهای امریکایی در عراق طی بیانیه ای اظهار داشت که به اعضای مجاهدین خلق در عراق از جانب ارتش آمریکا موقعیت تحت الحمایه اعطا شده است.
در این بیانیه ایالات متحده آمریکا تأیید کرده است که نیروهای مستقر در اشرف مشمول کنوانسیون 4 ژنو می باشند. براین اساس کنترل و محدودیت های اعمال شده بر مجاهدین برطرف خواهد شد و در عین حال حفاظت از قرارگاه اشرف بر عهده نیروهای آمریکایی است. پس از این بیانیه موافقت نامه ای تحت عنوان موافقت نامه برای نفرات سازمان مجاهدین خلق ایران در اشرف امضا شد.
بر اساس این موافقت نامه برای تعیین تکلیف افراد حاضر در اشرف 4 گزینه زیر مطرح شد:
1 ـ بازگشت به ایران
2 ـ پذیرفته شدن در کشور ثالث
3 ـ درخواست پناهندگی از سازمان های بین المللی
4 ـ استمرار اقامت در عراق
شورای ملی مقاومت در اطلاعیه ای به دروغ مدعی شده بود که در پی قرار گرفتن نیروهای سازمان در برابر گزینه های فوق حدود دویست نفر خروج از عراق را انتخاب کردند و 3400 نفر از نیروها گزینه 4 را برگزیدند!!
در این جریان سیل ریزش نیرویی در این سازمان آغاز و تاکنون رو به افزایش بوده است و عملا این فرقه تروریستی را به سمت نابودی کامل فیزیکی سوق داده است.
این فرقه به لیبرتی انتقال داده شدند و بعد از آن به آلبانی و تمام شعارها مبارزاتی باد هوا بود
این فرقه در حال حاضر بعنوان تنها راه بقاء مشغول وطن فروشی و جاسوسی به نفع بیگانگان است و سعی میکند تا با آویختن خود به قدرت های بزرگ مفری برای نجات بیابد.