پذیرفته نشدن کاندیداتوری مسعود رجوی برای ریاست جمهوری به دلیل فقدان شرایط و مقررات قانونی بود و این موضوع اختصاصی به ایشان هم نداشت. 
مطابق اصل یکصد و پانزدهم قانون اساسی، رییس جمهور باید از میان رجال مذهبی و سیاسی که واجد شرایط زیر باشند انتخاب گردد: 
ایرانی الاصل، تابع ایران، مدیر و مدبر، دارای حسن سابقه و امانت و تقوا، مؤمن و معتقد به مبانی جمهوری اسلامی ایران و مذهب رسمی کشور.

از اینرو بسیاری از افرادی که واجد چنین شرایطی نبودند از ابتدا نمی توانستند به عنوان نامزد ریاست جمهوری معرفی گردند. کاندیداتوری مسعود رجوی از مجاهدین خلق هم به علت اعتقاد نداشتن و رأی ندادن به قانون اساسی منتفی شد. هرچند علیرغم ادامه کارشکنی های مجاهدین به آنان اجازه حضور در انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی داده شد، ولی هیچ یک از 25کاندیدای نمایندگی آنها به مجلس راه نیافتند. 

نخستین مخالفت جدی سازمان با نظام جمهوری اسلامی عدم شرکت در انتخابات خبرگان قانون اساسی بود. آنان در حالیکه با تحریم انتخابات، خود را از یک مبارزه دموکراتیک کنار کشیده بودند، با اعلام کاندیداتوری ریاست جمهوری رجوی با نیروهای مخالف جمهوری اسلامی وارد عرصه شدند. با چنین سابقه ای، این نیروها با کاندیداتوری مسعود رجوی کوشیدند تا در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کنند، در حالیکه قانون اساسی نظام را قبول نداشتند. از همین رو، امام خمینی (ره) اعلام کرد کسانی که در انتخابات خبرگان قانون اساسی شرکت نکرده اند، حق شرکت در انتخابات ریاست جمهوری را ندارند.

مجاهدین پس از شکست در انتخابات مجلس شورای اسلامی، به بنی صدر که طرفدارانش سرنوشتی همچون مجاهدین یافته بودند، نزدیک شدند تا اینکه غائله 14 اسفند ماه سال 1359 چهره واقعی مجاهدین را آشکار کرد.

دوازده روز بعد از واقعه 14 اسفند، مسعود رجوی در پیام زود هنگام نوروزی خود، رهبر انقلاب را به آغاز جنگ تحمیلی متهم کرد: 
«در سالی که گذشت، ندانم کاری های مفرط سیاسی، بی کفایتی در برخورد با مسائل بین المللی، دخالت در امور دیگران به بهانه صدور مکانیکی انقلاب (که گویی انقلاب هم یک کالا است) مضافاً بر همه، شقه سازی های نفاق افکنانه در صفوف خلق، کار را به آنجا رساند تا حکام مستبد عراق به فکر ارضای هوس های جاه طلبانه خود در خاک میهن ما بیفتد». در این پیام، رهبر سازمان ادعاهای دروغین سازمان متبوع خود را مبنی بر شرکت در جنگ برملا کرد؛ زیرا به اعتقاد آنان، ایران جنگ را آغاز کرده بود.

در30 خرداد سال 61 بدون اطلاع اقدام به برپایی تظاهرات مسلحانه و شبه کودتا نمودند. با شکست کودتا، رجوی و بنی صدر به پاریس گریخته و شورای ملی مقاومت ایران را بنیانگذاری کردند.

بدین ترتیب، سازمان مجاهدین خلق به رهبری مسعود رجوی، که همه مراحل اعم از تحریم انتخابات، مخالفت قانونی، ایجاد تشنج، ضرب و شتم مخالفان و آخر الامر عملیات مسلحانه و ترورهای کور را آزموده بود، برای دستیابی به قدرت به آخرین مرحله، یعنی مزدوری بیگانگان وارد شد؛ مرحله ای که برگشت ناپذیرترین راه در پیشگاه خلقی بود که آنان داعیه نمایندگی شان را داشتند.