سازمان منافقین رفته رفته به رودررویی مستقیم با نظام جمهوری اسلامی پرداخت و در تاریخ 30 خرداد 60 با صدور اطلاعیه‌ای، رسما وارد جنگ مسلحانه با نظام شد و برای براندازی حکومت اسلامی از طریق مسلحانه خیز برداشت. بعد از این تاریخ بود که موج ترورهای گسترده سازمان در نقاط مختلف کشور، اقشار گوناگون مردم و نیز مسئولان نظام را آماج قرار داد که چند نمونه از آن به قرار ذیل است:
انفجار در دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی، که در آن آیت‌الله بهشتی و 72 تن از مسئولان نظام به شهادت رسیدند.
انفجار در دفتر نخست وزیری در تاریخ 8 شهریور 1360 و شهادت محمد علی رجایی (رئیس جمهور) و محمد جواد باهنر (نخست وزیر)، این بمب توسط یک عنصر نفوذی سازمان به نام مسعود کشمیری کار گذاشته شده بود.
366 مورد ترور مردم عادی در استان تهران توسط اعضای سازمان طی سالهای 60 و61، 53 درصد از این افراد کارمند نهادهای دولتی بودند که 36 درصد آنها شاغل در سپاه، ارتش، بسیجی و شهربانی بودند. بنابراین بقیه 64 درصد ترورشدگان مردمی دارای مشاغل غیرنظامی و آزاد بودند که تنها جرم آنها داشتن ظاهری حزباللهی یا قرار گرفتن در تیررس تیم‌ها‌ی شکار سازمان مجاهدین بوده است.
ترور ائمه جمعه و شخصیت‌ها‌یی مانند آیت‌الله صدوقی (امام جمعه یزد)، آیت‌الله دستغیب (امام جمعه شیراز)، آیت‌الله مدنی (امام جمعه تبریز)
همکاری تنگاتنگ با استخبارات عراق در دوران جنگ تحمیلی و انجام مأموریتهای اطلاعاتی برای عراقیها در خاک عراق
آغاز موج جدید ترورها از سال 1377 و ترور شهید سید اسدالله لاجوردی، دادستان اسبق دادگاههای انقلاب و رئیس سابق زندانها
ترور شهید سرلشگر صیاد شیرازی در 21 فروردین 78
شرکت فعال در سرکوب قیام مردم جنوب عراق و مردم کرد بعد از جنگ خلیج فارس و اعمال رفتار وحشیانه و قساوتآمیز در این عملیاتها نسبت به مردم
حمایت و همراهی اغتشاشات بعد از انتخابات سال 88 و حضور فعال و علنی همراه آشوبگران در اغتشاشات 9 دی 88 و 25 بهمن 89
صدور بیانیه توسط مریم رجوی در هفتههای پایانی سال 89 در حمایت از میر حسین موسوی، مهدی کروبی وآشوب طلبان و اعلام هدف مشترک مجاهدین خلق و آنها
