تا زمان پیروزی انقلاب اسلامی وجه مارکسیستی گروهک بسیار برجسته بود اما پس از پیروزی انقلاب گروهک با توجه به جو مذهبی کشور در رویکردی منافقانه تلاش نمود وجهه خود را اسلامی خود را جلوه دهد.




شاید بتوان بحران ایدئولوژی را در بین صده‌ها بحرانی که گروهک تروریستی منافقین با آنها درگیر است یکی از مهمترین آنها را نامید؛  که صد البته متهم ردیف اول و مقصر اصلی این موضوع نیز شخص مسعود رجوی سرکرده متواری و ترسوی گروهک تروریستی منافقین است.
گروهک در سال 44 کار خود را با ادعای اسلام گرایی شروع کرد و هسته اولیه آن  تحت عنوان مطالعات گروهی با خواندن کتاب‌های  مرحوم بازرگان،  آیت الله طالقانی، کسروی و نیز قرآن و نهج‌البلاغه کار خود را آغاز کردند.   نتیجه مطالعات ایدئولوژیک گروهک تهیه چند کتاب آموزشی برای اعضا شد. بسیاری از جوانانی که در سال های دهه 40 و اولیل دهه 50 نیز عضو گروهک شدند فریب ادعاهای اسلام گرایی آنها را خوردند. شکستهای پی در پی و ضربه‎‌های ساواک به گروهک و دستگیری و اعدام عده زیادی از کادر مرکزی سازمان که صد البته با همکاری شخص مسعود رجوی با ساواک صورت گرفت، کادر مرکزی را به این نتیجه رساند که دیگر استفاده ابزاری از اسلام راه حل نیست. لذا با کنار گذاشتن اسلام به عنوان ایدئولوژی مبارزه،  تصفیه‌های خونینی نیز در گروهک آغاز شد و بسیاری از جوانان مومن و انقلابی که فریب تابلوی اسلام‌گرایی نفاق را خورده بودند یا خود از سازمان جدا شدند یا توسط کادر مرکزی حذف شدند. پس از آن نیز مرکزیت سازمان بیانیه «اعلام مواضع ایدئولوژیک» را در مهرماه 1354 منتشر کرد. در این بیانیه ضمن برشمردن دلایل کنار گذاشتن اسلام و برگزیدن مارکسیسم، حذف درون تشکیلاتی امری موجه جلوه داده شد.
انتشار بیانیه اعلام مواضع ایدئولوژیک، عکس‎العمل‌های شدید و متفاوتی در محافل اجتماعی ایران داشت؛ بویژه در میان مسلمانان اصیل که با حسن‎ظن و خوش‎بینی از این تشکیلات حمایت کرده بودند، موجی از بدبینی و سرخوردگی از مبارزات مسلحانه پدید آورد و صد البته موجب شد تا جوانان و دانشجویان هوشیار شده و به منابع اصیل اسلامی و تعالیم و تألیفات اسلام‌شناسانی چون استاد شهید مطهری گرایش پیدا نمودند.
پس از اعلام تغییر ایدئولوژی، عده‎ای از اعضای باقی‎مانده در زندان شروع به بازسازی سازمان با همان ساخت فکری التقاطی کردند. بیشتر این عده به دور شخص «مسعود رجوی» گرد آمدند. برخی از زندانیان آن زمان معتقدند که رجوی در زندان تغییر ایدئولوژی داده و مارکسیست شده بود ولی برای حفظ موقعیت خود آن را پنهان ساخته بود.
تا زمان پیروزی انقلاب اسلامی وجه مارکسیستی گروهک بسیار برجسته بود اما پس از پیروزی انقلاب گروهک با توجه به جو مذهبی کشور در رویکردی منافقانه تلاش نمود وجهه خود را اسلامی خود را جلوه دهد و بر این اساس سازمان در ماه‌های اول پس از پیروزی انقلاب از امام خمینی با تعابیری چون «امام مجاهد اعظم»، «قائد پرافتخار»، «مجاهد آگاه» و.... یاد‌ می‌کرد.
اما این روش نیز  جواب نداد و خیلی زود باطن خبیث منافقین برای ملت ایران رو شد و آنها پس از شروع جنگ مسلحانه و ترورهای مردم و مسئولان نظام اسلامی مجبور به فرار از کشور و پناه بردن به رژیم بعث صدام شدند. در عراق نیز گروهک ایدئولوژی التقاطی و چپ رقیق شده خود را حفظ کرده بود تا این که آمریکا در سال 2003 به عراق حمله و رژیم بعث را ساقط کرد. در این زمان مسعود رجوی تصمیم گرفت با توجه به شرایط جدید گفتمان و ایدئولوژی حاکم بر گروهک را تغییر داده و به جای تاکید بر اصول مارکسیستی و التقاطی مبارزه بر ارزشهای لیبرال دموکراسی تاکید کند تا شاید دل اربابان غربی خود را به دست بیاورد. از 2003 تا کنون با مروری مختصر به مواضع مسعود رجوی و مریم قجر مشخص می‌شود که آنها همواره بر ارزشهایی مثل حقوق بشر، دموکراسی ، آزادی بیان و.. تاکید می کنند در حالی که هیچگاه نه به این اصول پایبند بوده و نه به آنها عمل کرده‌اند. به جرات می‌توان گفت که گروهک نفاق طی 12 سال گذشته دچار بحران ایدئولوژی بوده است. مثال بسیار ساده و بارز این بحران را می توان در تاکید گروهک بر اسلام رحمانی دید. مریم قجر همواره در همه میتینگ ها و خیمه شب بازیهای خود بر اسلام رحمانی تاکید می کند ولی از آن جا که بخش اعظم مواجب خود را از رژیم وهابی آل سعود دریافت می‌کند همزمان با تاکید بر اسلام رحمانی با تروریست های سلفی- تکفیری داعش و النصره نیز در سوریه و عراق همکاری می کند و آنها را برادران مجاهد خود خطاب می‌نمتید.
با این وضعیت به جرات می توان گفت که منافقین دیگر فاقد ایدئولوژی هستند و آنها تبدیل به آفتاب پرست هایی شده اند که هر روز و هر لحظه با توجه به شرایط رنگ عوض می کنند تا شاید بتوانند اربابان غربی – تکفیری خود را راضی نگه دارند.